С развитием судоходства и картографии обнаружилось, что расположение пустынного архипелага гораздо выгоднее, чем представлялось древним мореплавателям. Перегораживая собой кратчайший путь из Европы в Африку, он занимал стратегически выгодное положение, позволяя контролировать не только морские дороги, но и все Средиземноморье.
В античные времена Мальта притягивала к себе всех, кто стремился к господству: финикийцев, карфагенян, римлян. Завоеватели с Апеннин сделали изоляцию Мальты относительной, а члены духовно-рыцарского ордена Святого Иоанна Иерусалимского устранили ее вовсе, наладив бойкую торговлю с ближними и дальними странами. С приходом рыцарей местная жизнь изменилась, повлияв на все, кроме уникальных мегалитических сооружений, которые прославили Мальту не меньше, чем орденское наследие.
Местные географы утверждают, что в доисторические времена место крошечной Мальты занимал гораздо больший кусок суши. Об этом свидетельствуют два мегалитических храма, обнаруженные на морском дне, недалеко от города Сан-Джулиан. Мнение об отношении архипелага к Атлантиде широко распространено в ученом мире, хотя и не подтверждается никакими конкретными данными. Древнейшая история страны также туманна; всего лишь догадками являются предположения о существовании здесь развитой цивилизации с культурным, но агрессивным обществом, наводившим страх на египтян и греков.
По самой распространенной версии первыми обитателями Мальты были земледельцы из Сицилии. Благополучно преодолев 100 км на деревянных плотах, они привезли с собой пищу, утварь, орудия труда. Вместе с людьми на острова высадились домашние животные и звери неизвестного назначения, например карликовые слоны величиной с обычную собаку.