Как ожидалось, африканская крепость пала, и вернуть этот важный стратегический порт европейцам больше не удалось.
Строительные работы велись медленно, причем не столько из-за трудностей с рабочей силой или материалами. Кавалерам не хватало денег, ведь им приходилось содержать самый крупный в Средиземноморье госпиталь, военный флот и вдобавок регулярно пополнять папскую казну. После смерти де Лиль Адама в ордене началась смута, справиться с которой сумел лишь третий избранный после него гроссмейстер Жан де Хомедес. Расправившись с бунтовщиками, он занялся оборонительной системой Биргу, поручив ее создание архитектору Антонио Ферромолино. Через несколько лет построенные итальянцем сооружения показали свою надежность и, возможно, спасли орден от гибели в трагическом 1565 году. Строительству изрядно помешал понтифик: отобрав законные привилегии, в том числе и финансовые, он лишил госпитальеров значительной части средств. В тяжелые времена самые богатые командорства принадлежали родственникам папы. Тяжба по этому поводу растянулась на много лет, но завершилась поражением Святого престола. В итоге кавалеры отстояли большинство древних прерогатив, и не последнюю роль в том сыграл авторитет братства, который резко повысился после Великой осады.
История последней битвы госпитальеров с турками описывалась настолько часто и разноречиво, что в настоящее время отличить правду от вымысла не представляется возможным. По саркастическому замечанию Вольтера, «ничто на свете не известно так хорошо, как осада Мальты». Действительно, сотни историков потрудились на славу, всячески расхвалив мужество рыцарей и принизив воинскую доблесть сарацинов. В хрониках того времени давние враги ордена представали ничтожными и трусливыми вояками, взявшими всего одну крепость, и то благодаря превосходящей численности солдат. Потомки защитников придавали рассказам отцов характер нравоучительной беседы.