Военная угроза миновала, победители могли бы вздохнуть спокойно и отдать мирному строительству силы, не потраченные в борьбе с турками. Однако излишек энергии был направлен совсем в иную сторону, а именно на бунт, вспыхнувший среди молодой братии. Причиной недовольства послужил диктат великого магистра, вражда между языками, холодность мальтийской знати, борьба за чины, а может быть просто жажда удовольствий. Глухой ропот поры правления ла Валлетта перерос в открытое противостояние тотчас после того, как место главы ордена занял Жан л,Эвек де ла Кассиер.
Став большой внутренней проблемой, конфликт принизил авторитет ордена, показав отсутствие единства в союзе, который до тех пор считался духовным монолитом. Испанских рыцарей унижала их якобы второстепенная роль в братстве. Являясь прямыми вассалами короля Испании, самого могущественного покровителя ордена, они требовали избрания великого магистра из своего сообщества. В ответ примерно такие же требования выдвинули арагонский и кастильский языки. В момент, когда ссора грозила перерасти в гражданскую войну, вмешался папа Григорий XIII, приславший на Мальту своего нунция в лице инквизитора Висконти.
Если в других странах инквизиция занималась выявлением еретиков и устройством аутодафе (публичных судилищ), то в данном случае задача папского помощника была не столь широка, зато более деликатна. Будучи официальным представителем Римской курии, он докладывал обо всем происходящем на острове, а в особых случаях, безусловно с разрешения понтифика, вмешивался в ход событий. Не стоит сомневаться, что своеобразная мальтийская инквизиция пользовалась трудностями ордена для усиления власти Святого престола.
Мальтийские рыцари устраивали папу только в качестве монолитного союза, объединенного решениями капитула, строгой дисциплиной, беспрекословным подчинением и выгодными высшей власти духовными принципами.