Современники заметили, что Иоанн после брака на племяннице императора византийского явился грозным государем на московском великокняжеском столе; он первый получил название Грозного, потому что явился для князей и дружины монархом, требующим беспрекословного повиновения и строго карающим за ослушание, возвысился до царственной недосягаемой высоты, перед которою боярин, князь, потомок Рюрика и Гедимина должны были благоговейно преклониться наравне с последним из подданных; по первому мановению Грозного Иоанна головы крамольных князей и бояр лежали на плахе. Современники и ближайшие потомки приписали эту перемену внушениям Софии, и мы не имеем никакого права отвергать их свидетельство. Князь Курбский, защитник старины, старых прав княжеских и боярских, говорит, что перемена в поведении князей московских произошла от внушения жен иноплеменных. Нет преступления, в котором бы ожесточенный потомок князей ярославских не обвинил Иоанна III и Софию. Какой дух принесли служебные князья ко двору московскому, какие чувства питали они к московским князьям, как смотрели на собирание земли, видно из следующих слов Курбского: «Обычай у московских князей издавна желать братий своих крови и губить их, убогих, ради окаянных отчин, несытства ради своего».
Но кроме Курбского до нас дошел еще другой боярский отзыв о новом порядке вещей, принесенном Софиею. Уже в княжение сына ее, Василия, опальный боярин Берсень так говорил Максиму Греку: «Как пришли сюда греки, так наша земля и замешалась; а до тех пор земля наша Русская жила в тишине и в миру. Как пришла сюда мать великого князя, великая княгиня София, с вашими греками, так наша земля и замешалась, и пришли нестроения великие, как и у вас в Цареграде при ваших царях». Максим заметил на это: «Господин! Мать великого князя, великая княгиня София, с обеих сторон была рода великого: по отце царского рода константинопольского, а по матери происходила от великого герцога феррарского Италийской страны».