Виновники событий 26 июня умели закрыть себя и достигли своей цели относительно Глинских: оставшийся в живых князь Михайла Васильевич Глинский не только потерял надежду восторжествовать над своими врагами, но даже отчаялся в собственной безопасности и вместе с приятелем своим, князем Турунтаем-Пронским, побежал в Литву; но беглецы были захвачены князем Петром Шуйским, посидели немного под стражею и были прощены, отданы на поруки, потому что вздумали бежать по неразумию, испугавшись судьбы князя Юрия Глинского. Могущество Глинских рушилось, но его не наследовали знатные, враги их: полною доверенностию Иоанна, могущественным влиянием на внутренние дела начинают пользоваться простой священник Благовещенского собора Сильвестр и ложничий царский Алексей Федоров Адашев, человек очень незначительного происхождения.
Сильные волнения, досады, поблажки чувственным, животным стремлениям и дурные примеры, которые видел Иоанн в детстве, бесспорно, имели пагубное влияние на его характер, произвели в нем, между прочим, раздражительность. Но эта самая раздражительность, впечатлительность, женственность природы Иоанна делали его способным и к скорому принятию доброго влияния, если это влияние шло от лица, имеющего нравственное достоинство, религиозное значение и неподозрительного для Иоанна. Пожар московский произвел на молодого царя сильное впечатление. Вот что сам царь писал об этом впечатлении собору, созванному для устройства церковного: «Нельзя ни описать, ни языком человеческим пересказать всего того, что я сделал дурного по грехам молодости моей. Прежде всего смирил меня бог, отнял у меня отца, а у вас пастыря и заступника; бояре и вельможи, показывая вид, что мне доброхотствуют, а на самом деле доискиваясь самовластия, в помрачении ума своего дерзнули схватить и умертвить братьев отца моего. По смерти матери моей бояре самовластно владели царством; по моим грехам, сиротству и молодости много людей погибло в междоусобной брани, а я возрастал в небрежении, без наставлений, навык злокозненным обычаям боярским и с того времени до сих пор сколько согрешил я перед богом и сколько казней послал на нас бог!