4 октября вся Казань была очищена от трупов; царь поехал в нее в другой раз, выбрал среди города место, водрузил на нем своими руками крест и заложил церковь во имя Благовещения богородицы; отслужили молебен, освятили воду и с крестами ходили по городским стенам. На третий день, 6 октября, заложенная церковь Благовещения уже была готова и освящена. В тот же день царь назначил наместником в Казань большого боярина князя Александра Борисовича Горбатого и боярина князя Василия Семеновича Серебряного, оставил с ними дворян своих больших, много детей боярских, стрельцов и козаков, 11 октября Иоанн выступил в обратный путь: сам государь поехал Волгою в судах, а конная рать пошла берегом на Васильсурск с князем Воротынским. В Нижнем Новгороде царь встретил посланных с поздравлением от царицы, от князя Юрия Васильевича и от митрополита; тут он вышел из судов и поехал сухим путем на Балахну во Владимир. Здесь ждала его новая радость; прискакал боярин Траханиот с вестью о рождении первого сына, Димитрия. Из Владимира чрез Суздаль и Юрьев царь поехал в Троицкий монастырь, где прежний митрополит Иоасаф, игумен и братия встретили его с крестами; в селе Тайнинском он встречен был братом Юрием, под Москвою - кликами бесчисленного множества народа: «Многая лета царю благочестивому, победителю варваров, избавителю христианскому!» У Сретенского монастыря встречен был митрополитом с крестами; благословившись у митрополита, Иоанн говорил ему речь, которая оканчивалась так: «А тебе, отцу своему и богомольцу, и всему освященному собору вместе с князем Владимиром Андреевичем и со всем войском за ваши труды и молитвы, потому что вашими молитвами бог соделал такие великие чудеса, много челом бьем». Тут царь, князь Владимир и все войско поклонились в землю, после чего Иоанн продолжал: «И теперь вам челом бью, чтоб пожаловали, потщились молитвою к богу о нашем согрешении и о строении земском, чтоб вашими святыми молитвами милосердый бог милость нам свою послал и порученную нам паству, православных христиан, сохранил во всяком благоверии и чистоте, поставил бы нас на путь спасения, от врагов невидимых соблюл, новопросвещенный град Казанский, по воле его святой нам данный, сохранил во имя святое свое и утвердил бы в нем благоверие, истинный закон христианский, и неверных бы обратил к нему, чтоб и они вместе с нами славили великое имя святыя троицы, отца, сына и святого духа ныне, и присно, и во веки веков, аминь».