В тот же день Иоанн выехал из Новгорода по дороге в Псков; владыку Пимена, священников и дьяконов, которые не откупились от правежа, и опальных новгородцев, которых дело еще не было решено, отослали с приставами в Александровскую слободу. Какое впечатление произвел на новгородцев погром, всего лучше видно из следующего известия: 25 мая 1571 года в церкви св. Параскевы на торговой стороне у обедни было много народа; когда после службы стали звонить в колокола, вдруг на всех напал таинственный ужас, все побежали в разные стороны, мужчины, женщины, дети, толкали друг друга, не зная, куда бегут, купцы пометали лавки, отдавали товары собственными руками первому попавшемуся. Точно такое же известие о пополохе встречаем в летописях под 1239 годом, после Батыева погрома.
Из Новгорода Иоанн направил путь ко Пскову; псковичи боялись участи новгородцев; по распоряжению воеводы, князя Токмакова, они встретили Иоанна каждый перед своим домом с женами и детьми, держа в руках хлеб и соль; завидев царя, все падали на колена. Иоанн недолго прожил во Пскове, велел грабить имение у граждан, кроме церковного причта взял также казну монастырскую и церковную, иконы, кресты, пелены, сосуды, книги, колокола. Но дело не кончилось Новгородом и Псковом: по возвращении царя в Москву началось следствие о сношениях новгородского архиепископа Пимена и новгородских приказных людей с боярами - Алексеем Басмановым и сыном его Федором, с казначеем Фуниковым, печатником Висковатовым, Семеном Яковлевым, с дьяком Васильем Степановым, с Андреем Васильевым, с князем Афанасием Вяземским; сношения происходили о том, чтоб сдать Новгород и Псков литовскому королю, царя Иоанна извести, на государство посадить князя Владимира Андреевича. Это сыскное изменное дело до нас не дошло, а потому историк не имеет права произнести свое суждение о событии. Известны следствия: казнены были князь Петр Оболенский-Серебряный, Висковатый, Фуников, Очин-Плещеев, Иван Воронцов, сын известного нам Федора, и многие другие, 180 человек прощено; всего удивительнее встретить между осужденными имена главных любимцев Иоанновых - Басмановых и Вяземского; Вяземский умер от пыток, Алексей Басманов, как говорят, был убит сыном Федором по приказанию Иоанна. Владыка Пимен Новгородский сослан был в Венев.