Иоанн в послании из Александровской слободы к московскому народу жалуется, что духовенство печалуется за людей, по его мнению, недостойных; но любопытно, что здесь царь не упоминает о митрополите; с Филиппа Иоанн взял обещание не вступаться в опричнину и в домовый царский обиход, но о печаловании не было упомянуто ни слова; казанскому архиепископу Гурию печалование было предписано как средство привлекать татар к принятию христианства. Ходатайство митрополита Макария принималось в уважение царем и прямо выставлялось как побуждение к оказанию какой-нибудь милости, исполнению какой-нибудь, просьбы; так, царь писал новгородским дьякам: «О жене князя Богдана Корецкого поминал нам отец наш Макарий, митрополит всея Руси, чтоб нам ее пожаловать, из мужнего поместья велеть дать земли на прожиток: и я, для отца своего Макария митрополита, ее пожаловал, велел ей из мужнего поместья отделить 15 обеж». Для митрополита же пожалован был новгородский помещик Курцов, не велено было отнимать у него старого поместья: по просьбе новгородского архиепископа Пимена и митрополита Макария уменьшен был денежный взыск с князя Ивана Буйносова-Ростовского. Хотя митрополит на просьбы литовских панов о посредничестве для заключения мира обыкновенно отвечал, что он в эти дела не входит, знает только свои церковные дела, однако мы встречаем известие, что государь совещался с митрополитом о делах вовсе не церковных; так, в 1550 году государь приговорил с митрополитом, братьями и боярами, где быть на службе боярам и воеводам по полкам.
Свержение Филиппа с митрополии вследствие столкновений с опричниною не было первым примером в XVI веке: великий князь Василий свергнул митрополита; в малолетство Иоанна свергнуты были два митрополита. До нас дошел чин поставления митрополита Иоасафа; здесь сначала сказано: «Князь великий Иван Васильевич всея России с своими богомольцами, архиепископом Макарием Великого Новгорода и Пскова, с епископами, со всем освященным собором, с старцами духовными и всеми боярами, избрал на митрополию духовного старца Троицкого Сергиева монастыря игумена Иоасафа и нарек его митрополитом всея России».