Но понятно, что утверждение на месте правителя не могло обойтись для Годунова без борьбы с людьми, которые считали за собою большие права на занятие этого места. Была вражда между боярами, говорят летописцы; разделились они на две стороны: на одной-Борис Годунов с дядьями и братьями, с некоторыми князьями, боярами, дьяками, духовными и многими служилыми людьми; на другой стороне-князь Иван Федорович Мстиславский, а с ним Шуйские, Воротынские, Головины, Колычевы и другие служилые люди, и чернь московская. Говорят, что сначала Годунов привлек на свою сторону князя Мстиславского, так что тот назвал его себе сыном, но потом Шуйские, Воротынские, Голицыны, другие бояре, служилые люди и чернь московская стали уговаривать Мстиславского, чтоб он, соединясь с ними, извел Бориса. Мстиславский долго отказывался, но потом согласился: положили убить Годунова «на пиру в доме Мстиславского. Известие вероятное: мы знаем, как действовали Шуйские в малолетство Иоанна, а потом в грозное царствование от насильственных, кровавых поступков некогда было отвыкнуть; родовой характер, т. е. родовая бесхарактерность Мстиславских, изображена также верно: сперва князь Иван отказывается, а потом соглашается на убийство названного сына. Как бы то ни было, свидетельства согласны, что на этот раз борьба с Годуновым велась во имя первенствующего боярина, князя Мстиславского, и Годунов, соединясь с дьяками Щелкаловыми, назвавши их себе отцами, осилил противников: князь Иван Мстиславский был схвачен и пострижен в Кириллове монастыре; Воротынских, Головиных и многих других схватили и разослали по городам, некоторых заключили в темницы; один из Головиных, Михайла, услыхав об опале родичей, ушел из своей медынской отчины в Литву к Баторию.
Но Шуйские, искусно действуя через других, остались нетронутыми. Годунов с своими советниками держал на них большой гнев; они с своей стороны ему противились и ни в чем не поддавались; гости все и московские торговые черные люди стояли за Шуйских и, говорят, хотели побить Годунова камнями, что заставило его искать мира с Шуйскими.