Государь наш милостив: как сел после отца на своих государствах, ко всем людям свое милосердие и жалованье великое показал; а мужики, надеясь на государскую милость, заворовали было, не в свое дело вступились, к бездельникам пристали; государь велел об этом сыскать и, которые мужики воры такое безделье учинили, тех пять, или шесть, человек государь велел казнить; а Шуйского князя Андрея сослал в деревню за то, что к бездельникам приставал, а опалы на него никакой не положил; братья же князя Андрея, князь Василий, князь Димитрий, князь Александр и князь Иван, в Москве; а князь Василий Федорович Скопин-Шуйский, тот был на жалованье на Каргополе, и теперь, думаем, в Москве; боярин князь Иван Петрович поехал к себе в отчину новую, в государево данье, на Кинешму: город у него большой на Волге, государь ему пожаловал за псковскую осаду; а мужики, все посадские люди теперь по-старому живут. Если спросят: зачем же в Кремле-городе в осаде сидели и стражу крепкую поставили? - отвечать: этого не было, это сказал какой-нибудь бездельник: от кого, от мужиков в осаде сидеть? А сторожа в городе и по воротам не новость-так издавна ведется: сторожа по воротам, и дети боярские прикащики живут для всякого береженья.
Лилась кровь на пытках, на плахе; лилась кровь в усобице боярской; и вот митрополит Дионисий вспомнил свою обязанность печалования: видя многое убийство и кровопролитие неповинное, он вместе с крутицким архиепископом Варлаамом начал говорить царю о многих не правдах Годунова. Но какое действие могли произвести слова архиереев на ребенка, привязанного к своей няньке? Годунов оболгал царю архиереев, говорит летописец: Дионисий и Варлаам были свергнуты и заточены в новгородские монастыри; в митрополиты возведен был Иов, архиепископ ростовский, человек, вполне преданный Годунову.
О митрополите Дионисии существует мнение, что он, будучи честолюбив, умен, сладкоречив, действовал против Годунова в союзе с Шуйскими вследствие оскорбленного честолюбия, вследствие того, что Годунов мешал его влиянию на набожного царя.