Но Конев и Костя не умели сделать этого тайно: Басманов узнал о слухах, узнал, от кого они идут, и донес царю. По польским известиям, Шуйский хотел поджечь посольский двор, занимаемый поляками. 23 июня Шуйский был схвачен, и Лжедимитрий отдал дело на суд собору, на котором, кроме духовенства и членов Думы, были и простые люди, ибо летописец говорит, что из простых людей никто не был за Шуйского, все на него кричали. По некоторым иностранным известиям, самозванец сам оспаривал Шуйского и уличал его в клевете, причем говорил с таким искусством и умом, что весь собор был приведен в изумление и решил, что Шуйский достоин смерти. 25 число назначено было для исполнения приговора. Шуйский был уже выведен к плахе, уже прочитана была ему сказка, или объявление вины, уже простился он с народом, объявив, что умирает за правду, за веру и народ христианский, как прискакал гонец с объявлением помилования. Источники разногласят в названии лиц, которые убедили Лжедимитрия помиловать Шуйского: одни называют бояр, другие - поляков и именно секретаря царского, Бучинского, некоторые - Афанасья Власьева; известия, что убедила к тому царица Марфа, мы принять не можем, ибо ее не было еще тогда в Москве. Как бы то ни было, Шуйского вместе с двумя братьями сослали в Галицкие пригороды, имение отобрали в казну, но, прежде нежели они достигли места ссылки, их возвратили в Москву, отдали имение и боярство.
Известить народ о восшествии на престол нового царя должен был патриарх. Первым из русских архиереев, признавшим торжественно Лжедимитрия, был рязанский архиепископ Игнатий, родом грек, прежде бывший архиепископом в Кипре и пришедший в Россию в царствование Феодора Иоанновича; когда Лжедимитрий был в Туле, Игнатий, к епархии которого принадлежала Тула, встретил его здесь как царя. Этого-то Игнатия 24 июня возвели в патриархи. Новый патриарх разослал по всем областям грамоты с известием о восшествии Димитрия на престол и возведении его, Игнатия, в патриаршеское достоинство по царскому изволению, причем предписывал молиться за царя и за царицу-мать и, между прочим, чтобы возвысил господь бог их царскую десницу над латинством и бусурманством.