Этою слабостию воспользовались враги Шуйского: они наговорили патриарху на царя и успели поссорить их; по жесткости нрава патриарх не скрывал своего неудовольствия и обращался с царем вовсе недружественно, хотя в то же время, по основным убеждениям своим, готов был всегда защищать Шуйского, как царя венчанного, против возмутителей.
Легко себе представить, как вредны были для Шуйского такие отношения его к патриарху, когда уж он и без того не пользовался большим уважением и доверенностью подданных. Клятва, данная им при восшествии на престол, повела к тому, что на него стали смотреть не так, как смотрели на прежних государей; ограничение власти царской относительно наказания, ограничение ее боярами, к царю нерасположенными, обещало безнаказанность смутам, крамолам: клеврет Голицына или другого какого-нибудь сильного боярина мог отважиться на все по внушению своего милостивца, зная, что последний может защитить его. Современники прямо говорят, что с воцарением Шуйского бояре стали иметь гораздо больше власти, чем сам царь. Некоторые из бояр крамолили против царя с целию занять его место, другие не хотели видеть его царем по прежним отношениям; не все бояре были в заговоре с Шуйским против Лжедимитрия, некоторые, и из них самые способные, например Михайла Глебович Салтыков, князь Рубец-Мосальский и другие, оставались верны Лжедимитрию и, следовательно, были враждебны новому правительству, которое и не замедлило подвергнуть их опале: князь Рубец-Мосальскпй был сослан воеводою в Корелу, Афанасий Власьев - в Уфу, Салтыков - в Иван-город, Богдан Бельский - в Казань; других стольников и дворян разослали также по разным городам, у некоторых отняли поместья и вотчины. Таким образом, в отдаленные области, и даже в качестве правителей, были отправлены люди озлобленные, то есть верные возмутители или по крайней мере готовые принять самое деятельное участие в возмущении для свержения правительства, им враждебного; скоро заметили также, что и вообще новый царь изменил своему обещанию - преследует людей, которые прежде были ему враждебны.