Салтыков поверил и возвратился, но спустя немного времени новгородцы забыли клятву, схватили его и, не удовольствовавшись тюремным заключением, подвергнули пытке; тщетно Салтыков клялся, что у него не было никакой мысли против Московского государства, тщетно обещал, что если отец его придет с литовскими людьми, то он и против него станет биться: сыну Салтыкова не поверили, и он страшною смертию поплатился за поведение отца. Говорят, что заводчиком дела был дьяк Семен Самсонов. Бояре уведомляли также Сигизмунда, что они много раз писали к восставшему ополчению с увещанием обратиться: «Но те воры от воровства своего не перестают и к вашей государской милости не обращаются, наших грамот и приказу ни в чем не слушают, нас укоряют и бесчестят всякими непригожими речами, похваляются на нас лютыми позорными смертями и людей наших, которые у нас по городам, мучат злыми смертями и пытками, поместья и вотчины наши роздали и разоряют». Наконец, уведомляют о сношениях восставшего ополчения с шведским королем насчет избрания одного из его сыновей в государи московские. По словам летописца, начальники ополчения начали думать, что без государя быть нельзя, и придумали послать к шведам просить у их короля сына на Московское государство.
Но, заводя переговоры о будущем царе, ополчение должно было подумать о том, как устроить временное правительство, ввести какой-нибудь порядок в управление войском и землею. Мы видели, сколько воевод с разных сторон пришло под Москву с своими отрядами. Кому из них надобно было дать первенство? Высшее звание, звание бояр, носили князь Дмитрий Тимофеевич Трубецкой и Заруцкий, хотя оба получили боярство в Тушине, но этим боярам не мог уступить думный дворянин Ляпунов, первый по способностям и энергии. 30 июня 1611 года Московского государства разных земель царевичи, бояре, окольничие и всякие служилые люди и дворовые, которые стоят за дом пресвятой богородицы и за православную христианскую веру против разорителей веры христианской, польских и литовских людей, под Москвою, приговорили и выбрали всею землею бояр и воевод, князя Дмитрия Тимофеевича Трубецкого, Ивана Мартыновича Заруцкого да думного дворянина и воеводу Прокофья Петровича Ляпунова на том, что им, будучи в правительстве, земским и всяким ратным делом промышлять, расправу всякую между всякими людьми чинить вправду, а ратным и всяким земским людям их, бояр, во всем слушать.