Несмотря на строгий приказ о неприкосновенности морисков и их имущества, содержавшийся в эдикте от 22 сентября и специальном указе от 26 сентября, несмотря на то, что их сопровождал многочисленный конвой, дорогой немало морисков было ограблено и убито. Военные отряды, которым были поручены сбор и охрана их, также виновны в эксцессах, вызывавших большое возмущение. С другой стороны, сеньоры запрещали морискам продавать имущество и забирать с собой даже то, что было разрешено эдиктом.
Злоупотребления, чинимые при посадке на суда, и известия о нападении мавров на первых высадившихся в Африке морисков, в соединении с изложенными выше фактами послужили причиной многочисленных случаев сопротивления, наблюдавшихся в Ломбае, Дос Агуасе и других местах. В Валь дель Агуаре (или Алагуаре), в Ла Муэла де Кортесе, на южной границе королевства Валенсии и на территории нынешней провинции Аликанте (Марина) собралось несколько тысяч морисков, решивших защищаться и не покидать Испанию. Как и следовало ожидать, они были разбиты королевскими войсками, но не без труда; победа сопровождалась грабежами, насилиями, убийствами и продажей в рабство детей по 8, 10, 12, 15 дукатов за каждого. Декрет от 17 апреля и послание королевского совета (от 30-го числа того же месяца) гласят, что дети морисков не являются рабами и что обращаться с ними следует, как со свободными людьми; но вместе с тем решено было, что все дети моложе семи лет останутся в Испании и будут отданы на воспитание христианам или распределены между прелатами Кастилии. Этих детей было тысяча восемьсот тридцать два. Несмотря на победу, одержанную королевскими войсками, уцелело немало повстанцев, которые в течение нескольких лет продолжали разбойничать в горах, угрожая общественному спокойствию.
Знатные сеньоры, которым изгнание морисков нанесло огромный экономический ущерб, видя, что решение короля непоколебимо, подчинились, так же как несколько лет назад гранадские дворяне. Эта покорность привела к тому, что сеньоры не только не чинили препятствий к исполнению указа, но в меру сил помогали королевским уполномоченным; однако в ряде случаев они проявляли великодушие по отношению к своим бывшим вассалам.