Самолюбие Писарро было задето; считая себя оскорбленным тем, что не ему было пожаловано управление Перу, на которое, по его мнению, он имел право, Писарро дал согласие на сделанное ему предложение и поднял открытый бунт против вице-короля.
Члены а уд иене ни, настроенные враждебно к вице-королю (они с самого начала мешали его деятельности своими постановлениями), признали власть Писарро, который вступил в Лиму и низложил вице-короля. Вспыхнула война, во время которой Б л ас ко Нуньес был убит (1546 г.). Восстание разрасталось; опасаясь, что такая обширная территория объявит себя независимой, король назначил нового вице-короля—лиценциата Ла Гаску (1546 г.), человека осторожного и решительного, который покончил с восстанием и казнил Гонсало Писарро (1548 г.). Любопытно, что последний, захватив власть, опубликовал указ, запрещавший жестоко обращаться с индейцами, отнимать у них имущество, использовать их на непосильной работе, изгонять их из родных мест и пр., во многом совпадающий с уставом 1542 г.
В других областях тоже наблюдалось ожесточенное сопротивление (хотя и не доходившее до восстания) законам Лас Касаса. Мы знаем уже, что произошло в Чьяпе. Документы 1543-—1553 гг., относящиеся к Кубе, показывают, как противилось освобождению индейцев (в то время еще многочисленных) большинство испанцев. Один из видных противников устава 1542 г., епископ Сармьенто, писал в 1543 г., что если не заставлять индейцев работать на рудниках, то ему и другим духовным лицам нечем будет выплачивать ренту. После отмены этого устава постановления аналогичного характера (как, например, указ 1550 г., предписывавший освободить всех индейцев острова Кубы) вызывали протесты. Из нотариального свидетельства от 8 августа 1553 г. известно, что когда вице-король приказал всем жителям Гаваны и других мест, владевшим рабами-индейцами, предъявить свои права на владение, никто не мог таких прав предъявить, и посему «были объявлены и провозглашены свободными людьми многие индейцы, как мужчины, так и женщины, и были они отпущены на свободу».