Монарх резервировал за собой право посылать судей на эти территории, «когда найдет то нужным», для разбора апелляций по приговорам, вынесенным адмиралом и его заместителями; назначать пожизненно рехидоров, присяжных, экзекуторов, про-курадоров и других должностных лиц на указанных островах; назначать нотариуса; инспектировать вице-короля и его чиновников; распределять репартимьенто индейцев и, кроме того, некоторые фискальные права.
Таким образом, грамота хотя и признает права Диего Колумба, но вместе с тем твердо подчеркивает верховную власть короны и ее вмешательство в управление территориями Индий. Адмирал не согласился с некоторыми пунктами этого решения и, кроме того, поставил вопрос о своих правах на континентальные территории, открытые Колумбом (Дарьен, Тьерра Фирме и др.). После этого тяжба продолжалась, усложняясь по мере присоединения новых вопросов, пока, наконец, кардинал Сигуэнса, призванный в качестве арбитра, не принял решения (1563 г.), которое удовлетворило -обе стороны. Семью Колумба представляли Луис, сын Диего, и его мать и опекунша Мария де Толедо. Они отказались в пользу короля и его наследников от «права, которое, согласно упомянутой капитуляции (принятой в Санта Фе) и привилегиям, ему (Луису) принадлежало и могло принадлежать на то, чтобы чинить правосудие на этом острове (на Кубе), и тем самым слагает с себя обязанности заместителя и другие обязанности, которые упомянутый адмирал в качестве нашего вице-короля и правителя на упомянутом юстрове исполнял». В соответствии с этим король (Карл I) приказал, «чтобы никто ни теперь, ни впредь не исполнял и не отправлял указанных обязанностей нашего правителя по назначению указанного адмирала». То же произошло с другими территориями, о которых шел спор; таким образом было покончено с феодальным, или сеньориальным, характером привилегий Колумба и его наследников. Луис отрекся также от титула вице-короля, получив взамен пенсию в 10 ООО дукатов; но звание адмирала сохранил для себя и своих потомков и получил титул герцога Верагуа.