С наступлением июля начался отъезд всех, кто не желал креститься. Почти все евреи Кастилии направились в Португалию, евреи севера — в Ларедо; андалусские евреи погрузились на суда в Кадисе, а арагонские и каталонские—в различных портах арагонского королевства и направились в Италию и в Северную Африку. Но в своих скитаниях им пришлось испытать столько невзгод (особенно в Португалии и при высадке в Африке), что некоторые из них предпочли вернуться в Испанию и креститься. Спустя некоторое время мероприятия, предпринятые «католическими королями», нашли свое завершение в изгнании евреев из Португалии (15 декабря 1496 г.) и из Наварры (в 1508 г.); на наваррских евреев монархи распространили действие указа 1492 г.
В Португалии изгнание сопровождалось особенными жестокостями—у родителей отнимали детей моложе 14 лет, оставляя их в Португалии, остальные же члены семьи изгонялись.
Относительно числа изгнанных точные данные отсутствуют, и мнения историков по этому вопросу расходятся. В Андалусии евреев было больше всего,В Кастилии их должно было быть сравнительно немного и еще меньше евреев насчитывалось в Каталонии. В общем оценки авторов XVI в. варьируют в пределах от 300 до 800 тысяч; впоследствии же эта цифра возросла до двух миллионов, что, несомненно, сильно преувеличено. По подсчетам одного исследователя-еврея, покинуло Испанию 165 тыс.; крещено было 50 тыс; погибло 20 тысяч.
Изгнание, несмотря на общую ненависть к евреям, нашло в Арагоне и Кастилии достаточно противников и критиков, о чем свидетельствуют хронисты конца XV и XVI вв. Один из них, автор истории царствования короля Фердинанда, говорит: «Было много лиц, считавших, что король совершил ошибку, пожелав изгнать из своих владений народ столь полезный и трудолюбивый, который достиг в его королевстве такого значения как по своей численности и влиянию, так и благодаря способностям к обогащению. И говорили они также, что больше надежды на их обращение было бы, если бы их оставили, а не изгнали, в особенности если они должны будут жить среди неверных» (Сурита, «Анналы», II, кн. 1, гл. VII).