Сиснерос принял меры для дальнейшего развития подобной системы комплектования армии, желая довести численность резерва до 40 000, и добился призыва в 1516 г. 30 000 пехотинцев. Значительные трудности вызывало комплектование кавалерии — рода войск, численность которого всегда было нелегко довести в Испании до нужных пределов. Преимущественно в ходе итальянских войн создана была, уже в царствование Карла V, новая система, которая легла в основу организации испанского войска в новое время. Походная жизнь, жажда славы, добычи, почестей, дух тщеславия, всегда пробуждающийся в стране, которая ведет завоевательные войны,—все это способствовало появлению солдат-профессионалов и влекло в армию дворян, искателей приключений и всевозможных честолюбцев, мечтавших о быстрой карьере.
Коренные изменения произошли в военной технике, что оказало влияние и на организацию армии. Фердинанд и Изабелла отказались от старого подразделения войск на неравные по числу бойцов единицы—так называемые батальи (batallas), в состав которых входили дружины сеньоров, и разделили воинские контингента на батальоны по 500 солдат, в состав которых в свою очередь входило 10 отрядов—куадрилий. Позже, по инициативе военачальника Гонсало де Айоры (получившего военное образование в Италии) и Гонсало де Кордовы, не только было введено подразделение войска на роты (companias или capitanias) численностью по 500 бойцов и полки (coronelias или escuadrones) по 12 рот, но и было усовершенствовано вооружение и изменена тактика ведения боевых действий. Опыт, приобретенный в войнах конца XV в. и начала XVI в., и пример чужеземных армий побудили объединить в составе каждого полка различные роды оружия. Пехотным полкам приданы были отряды по 600 конников и 64 пушки. В пехоте имелись наряду с копейщиками и лучниками и мушкетеры; таким образом, в одном и том же подразделении применялось и холодное и огнестрельное оружие.
Артиллерия играла большую роль в войне с Гранадой.