Проект вторжения и Непобедимая Армада. Новый план, разработанный Филиппом, с самого начала натолкнулся на значительные трудности. На французскую поддержку нельзя было рассчитывать. Рим, следуя своей, традиционной политике, был против всякого увеличения испанских владений. Это обнаруживалось еще во времена Карла I и снова выявилось в момент захвата Португалии. Наконец, об этом открыто заявил сам новый папа Сикст V. Для того чтобы склонить его на свою сторону, Филипп прибег ко лжи, стремясь скрыть истинные цели вторжения. Испанский посол в Риме и кардиналы, преданные Филиппу, изображали готовящуюся экспедицию как дело исключительно религиознее и заверяли, что сын Марии Яков, приверженный к протестантской вере, ни в коем случае не будет возведен на трои. Однако умалчивалось имя другого кандидата.
От папы удалось получить крупную денежную сумму и согласие на тог что в случае победы Филипп будет волен определить, кто станет королем Англии. Одновременно шли переговоры с Марией Стюарт о лишении ее сына прав на престол и передаче его прав испанскому королю (июнь 1586 г.). С этим совпал очередной заговор на жизнь Елизаветы и некоторых ее приближенных; в нем участвовало большое количество знатных английских католиков и духовных лиц. Нити заговора вели к Марии Стюарт. О заговоре было сообщено испанскому послу Мендосе, в то время находившемуся в Париже, который, в свою очередь, сообщил о нем Филиппу II (всецело одобрявшему этот заговор). Однако заговор был раскрыт и заговорщики наказаны (сентябрь 1586 г.). Сама Мария Стюарт была казнена.
Теперь Филипп стал уже серьезно помышлять о реализации своего плана. Для предупреждения противодействия со стороны папы и Франции Филипп предложил кандидатом на английский престол свою дочь инфанту Изабеллу Клару Евгению, внучку Карло Медичи. Это было сделано с той целью, чтобы заручиться одобрением папы. Тем временем в Испании усилилась подготовка к вторжению. Шотландские католики и Гизы предложили Филиппу выступить совместно, что дало бы испанцам опорные пункты и порты.