На первых порах, однако, Филипп занялся сведением счетов и урегулированием отношений с отдельными греческими государствами — участниками антимакедонской коалиции. С Фивами, которые были сильнейшим форпостом свободных эллинов в Средней Греции и сами претендовали на гегемонию в этом районе, Филипп расправился самым суровым и безжалостным образом. В город был введен македонский гарнизон. Были возвращены изгнанные ранее приверженцы Македонии, из которых теперь были образованы новый правящий совет и суд. Противники Филиппа были подвергнуты наказанию: одних казнили, других отправили в изгнание, имущество тех и других было конфисковано. Фивы оказались, таким образом, под жестким македонским контролем.
Вместе с тем были приняты меры к тому, чтобы на будущее пресечь чрезмерное усиление Фив в Беотийском союзе, а самому этому союзу, который продолжал существовать, создать какой-либо противовес. Первое было достигнуто восстановлением некогда разрушенных фиванцами Орхомена и Платей, второе — возрождением Фокидского союза (ibid., X, 3, 3; 33, 8; 36, 3). Фокидские города стали восстанавливаться еще до Херонейского сражения, одновременно, по-видимому, по инициативе эллинских союзников и Филиппа. Теперь это дело было продолжено и даже облегчено тем, что Филипп сократил ежегодный репарационный взнос фокидян в казну Дельфийского храма с 60 талантов до 10.
Не менее круто обошелся Филипп и с другими общинами Средней Греции и Пелопоннеса, которые имели смелость примкнуть к антимакедонскому лагерю. Эвбейский союз, созданный хал-кидянами Каллием и Тавросфеном, был уничтожен, в Халкиду был введен македонский гарнизон. Македонские войска заняли также Амбракию и Акрокоринф. Тем более удивительным может показаться снисходительное и даже уважительное отношение македонского царя к Афинам.
В самом деле, вопреки ожиданию Филипп не стал спешить с вторжением в Аттику. Македонскому царю, в особенности после опыта с Перинфом и Византием, должны были быть ясны трудности осады такого большого морского города, как Афины, которые все еще сохраняли свою главную силу — флот и были готовы защищаться до последней возможности.