Процессом организации церкви в Валахии руководил Нифон, низложенный османами вселенский патриарх Константинополя, которому предоставил убежище господарь Раду Великий (1495— 1508). Первые два православных епископства княжества были созданы в Рымнику-Вылче и в Бузэу.
В Трансильвании, где православная церковь не была официально признана, а румыны в качестве «раскольников» подвергались дискриминации, выживание и укрепление православной иерархической структуры еще с XIII в. сталкивалось с огромными трудностями. К примеру, после захвата «латинянами» Константинополя во время Четвертого крестового похода (1204) венгерский католический архиепископ в Калоче попросил у папы разрешения о переводе под свою юрисдикцию православного епископства «из страны сыновей кнеза Белы», располагавшейся, по всей вероятности в Кришане. Упомянутые в документах XIV—XVI вв. румынские православные епископства и даже архиепископства Трансильвании влачили жалкое существование, и их будущее всегда находилось под вопросом. В XI — XII столетиях были основаны католические епископства в Ченаде (на месте православного), Ораде и Алба-Юлии. В 1191 г. саксы при посредничестве эстергомского архиепископства добились права на создание католического викариата с центром в Сибиу. Для распространения католицизма среди «язычников» и «раскольников» в 1227 г. у восточных границ Венгерского королевства было создано католическое половецкое епископство (на территории которого существовали православные епископства румын), а после 1279 г. появилось католическое епископство в Милковии. Сильное влияние католической церкви в Трансильвании обеспечивалось не количеством верующих, а обширными епископскими и монастырскими владениями и той ролью, которая отводилась ей в заключении гражданских сделок (loca credibilia). При епископствах существовали капитулы, а при монастырях конвенты, занимавшиеся подтверждением документов и сделок, приобретением собственности, разграничением земельных участков.
В XIV столетии, в правление второго короля из Анжуйской династии, Людовика Великого (1342—1382), в Венгрии усиленно проводилась политика по приобщению к «единству католической веры» народов разного вероисповедания, в особенности «раскольников».