Петру Арон бежал на юг Польши, а потом, переехав в секейские земли Трансильвании, некоторое время представлял угрозу для Штефана. С самого начала господарь понял, что необходимая для преодоления внешних и внутренних трудностей государственная мощь могла быть обеспечена только посредством эффективной централизации власти. Поэтому он занялся реорганизацией административной структуры, ограничением привилегий крупных бояр, казнями (но одновременно и некоторыми уступками своим противникам), созданием воинских частей из свободных крестьян, реформой института «витязей» в целях укрепления своей власти внутри страны и укрепления ее обороноспособности. Штефан восстановил и расширил систему крепостей, особенно на берегу Днестра, и стал использовать в бою артиллерию. Во внешней политике он старался заключать союзы, способные обеспечить Молдове роль и престиж региональной державы.
Время правления Штефана Великого можно разделить на три периода.
1457 — 1473 гг. — укрепление центральной власти, организация войска, отражение венгерского наступления, подготовка к борьбе с Портой в условиях сохранения вассалитета по отношению к Польше и продолжения выплаты дани султану.
1474— 1487 гг. — борьба против Османской империи.
1487 — 1504 гг. — ограничение привилегий боярства и изгнание части бояр, конфликт, а затем мир с поляками и османами.
Первоначально Штефан Великий пытался наладить хорошие отношения со всеми соседями, в том числе с христианскими державами, стремившимися установить сюзеренитет над Молдовой, — Польшей и Венгрией. По традиции он присягнул на верность королю Польши и обязался примириться с находившимися там в изгнании боярами. Отношения с Венгрией были напряженными, особенно после возвращения Молдове Килии. Враждебность Матьяша Корвина заставила Штефана поддержать выступление трансильванских сословий в 1467 г. Зимой 1467/68 г. король Матьяш сам возглавил карательную экспедицию против «неверного вассала», которая завершилась катастрофой: в битве при Вайе венгерская армия была разгромлена румынами, а венгерский король получил «смертельные раны» (vulnera lethalia).