После смерти Рареша последовали времена нестабильности и кризиса, внутренней борьбы между его сыновьями, Илиашем и Штефаном, в которую были вовлечены различные боярские группировки. Страна оказалась на грани пропасти. Илиаш даже принял ислам и стал пашой Силистры. Сложными оказались и периоды правления Александра Лэпушняну (1552 — 1561, 1564 — 1568) и Деспота Водэ (1561 — 1563). Первый взошел на престол при помощи Польши, но скоро вступил в конфликт с крупными боярами, которые поддержали претендентов из рода Петра Рареша и плели заговоры в Константинополе. Во внешней политике Лэпушняну первоначально стремился к укреплению антиосманской коалиции, но потом подчинился интересам своих польских и турецких сюзеренов. По приказу султана войска Молдовы и Валахии в 1556 г. выступили в Трансильванию против императора, восстановив на престол Яноша Жигмонда, сына Яноша Запольяи. Начавшееся в условиях опустошительного татарского набега, второе правление Александра Лэпушняну было отмечено полным подчинением Порте, борьбой против соперников, казнями бояр и защитой православной церкви.
Необходимость мер по укреплению церкви была вызвана последствиями правления Якова Гераклида Деспота. Этот авантюрист с греческих островов, получивший западное образование и перешедший в протестантизм, был ставленником Габсбургов.
Под видом веротерпимости он создал в Молдове благоприятные условия для преследовавшихся в соседних странах протестантов. Призывая румын к достижению независимости путем усиления антиосманской борьбы, он подчеркивал их латинское происхождение и основал в Котнари латинскую коллегию. Повышением налогов, конфискацией церковных и монастырских ценностей, а также явным пренебрежением к официальной религии страны Деспот вызвал к себе всеобщую ненависть, был низложен и убит. В народной памяти он остался господарем, пожелавшим «обновить закон» и «разрушить страну».
Ион Водэ Лютый (1572— 1574), незаконнорожденный сын Ште-фэницэ, разбогател, занимаясь торговлей драгоценными камнями, и сумел заплатить за престол 220 тыс. дукатов. При его вступлении на трон Молдова была предметом соперничества между Портой и Польшей.