Саксы и секеи также имели свои регионы компактного проживания («саксонские земли» и «секейские земли») и свои вероисповедания, прежде всего лютеранство, которые также рассматривались как «национальные». Румыны отличались своей непризнанной религией — православием, ставшим синонимом румынской этнической принадлежности (православный значит румын). Они оставались лишенными привилегий зависимыми крестьянами: неслучайно понятие «румын» часто означало «зависимый». Реформация не нашла отклика среди румын, потому что коснулась прежде всего внутрисословных порядков и не представляла интереса для непривыкших к подобным тонкостям ментальности восточных христиан. После 1550 г. общие собрания официально утвердили «союз трех наций» и приняли первые законодательные меры, дискриминирующие румын. Провозглашенная в XVI в. «толерантность» коснулась исключительно привилегированных «наций», т. е. правящих сословий, а не румын, что вполне соответствовало ментальности эпохи.
После смерти Яноша Запольяи (1540) во главе Трансильвании стала «королева» Изабелла (супруга покойного) и их сын Янош Жигмонд (1540— 1571). Родившийся после смерти отца, он словно бы олицетворял происходившие в Трансильвании потрясения, четырежды за свою жизнь поменяв вероисповедание: родился католиком, потом стал лютеранином, кальвинистом и, наконец, униатом. Именно при нем установилась описанная выше политическая и религиозная система. Теоретически князь пользовался широкими внутренними полномочиями, тогда как Порта вмешивалась лишь в вопросы внешней политики. Султан соблюдал автономные права княжества постольку, поскольку Трансильвания соблюдала свои обязательства в отношении Порты. Князь правил с помощью совета и общего собрания в составе 150 членов — представителей трех «наций», «четырех религий» и самого князя. Они избирались знатью комитатов, собраниями саксонских и се-кейских престолов, городами, посадами; своих представителей князь назначал сам.
После смерти Яноша Жигмонда над Трансильванией вновь нависла угроза перехода в руки Габсбургов, сторонники которых сплотились вокруг Гашпара Бекеша, выходца из знати румынского происхождения. Его соперник Иштван Батори (Стефан Баторий) был поэтому сначала утвержден в качестве князя Портой и лишь затем избран собранием (1571).