Компартия получила право окончательного решения во время выборов патриарха и членов Синода, а также Национального церковного совета. Вместо патриарха-антикоммуниста Никодима 24 мая 1948 г. патриархом был избран старый знакомый Дежа — Юстиниан Марина. Обычный сельский священник, он в августе 1944 г. приютил в своем доме Г. Георгиу-Дежа, когда будущий генсек нелегально перебрался в Бухарест. Координируя свои действия с политикой партии Марина направлял деятельность церкви в поддержку усилий государства по устранению последствий войны и голода. Рядовые священнослужители не были повинны в подчинении народных масс антирелигиозной политике государства и в годы репрессий часто оказывались в лагерях и тюрьмах.
Римско-католическая церковь, отношения которой с государством регламентировала заключенная 10 мая 1927 г. конвенция с Ватиканом, отказалась принимать выдвинутые ей условия. Семнадцатого июля 1948 г. румынское правительство в одностороннем порядке денонсировало конвенцию с Ватиканом, а ряд католических иерархов и священников был арестован. Осенью 1948 г. руководство страны попыталось силой подчинить себе римско-католическую церковь, решив сократить число епископств с шести до двух и намереваясь заменить строптивых иерархов на более сговорчивых. Вследствие решительной реакции Ватикана и международного давления румынским лидерам пришлось отказаться от первоначальных планов и ограничиться предоставлением римско-католической церкви полуофициального статуса. Оставаясь незарегистрированной, не имея поддержки государства и практически не имея возможности вести активную деятельность, римско-католическая церковь оказалась на положении конфессии, которую терпит государство.
Иначе сложилась судьба греко-католической церкви. Спекулируя на положении Румынской православной церкви, коммунистический режим добивался ее подчинения, обещая поддержать возвращение греко-католической церкви в лоно «церкви-матери». 1948 г. был отмечен началом кампании обещаний и нажима на униатов с целью заставить их вернуться в православие. Первого октября 1948 г. в Клуже был созван съезд, который должен был принять решение о возвращении «блудного сына». Все прошло как и планировалось — 38 делегатов и 423 священника высказались в пользу православия. Ожидалось, что это вызовет бурную реакцию со стороны греко-католической церкви, что, в свою очередь, оправдает принятие репрессивных мер.