Чудесная легенда объясняет разделение храма на две части так.
Два брата властвовали в городе Небите. Один был добрый, а другой злой. Злодей изгнал доброго брата, но народ отказался повиноваться злому владыке и ушел из города за добрым братом. Тиран был взбешен тем, что его козни не дали ему насладиться властью. Он решил прибегнуть к помощи темных сил, чтобы попытаться оживить умерших и превратить их в своих рабов. Но мертвые рассердились за то, что их вызвали из места вечного упокоения, засыпали песком всю плодородную землю и превратили ее в пустыню. В злом брате можно без труда узнать Сета, а в хорошем – Хора. Но Сету, как и Хору, должна принадлежать его собственная земля – и ему досталась пустыня, освященная постройкой в ней усыпальниц.
Тутмос III воплотил миф, выстроив двойной храм, посвященный Хароэрису (Хору Великому, или Старшему) та Себеку. В Позднюю эпоху вокруг двух главных богов возникли две божественные триады. Спутниками Хароэриса, изображавшегося с головой сокола, стали богиня Сенетнефрет («Добрая сестра») и бог Панебтауи («Владыка Обеих земель»). Спутниками крокодилоголового бога Себека стали его мать Хатхор и Хонсу, считавшийся здесь его сыном. Оба божества равно ужасны и могучи. Сокол способен стремительно наброситься на врага; Хор камнем падает с неба, чтобы наказать врагов фараона. Ра, борясь со злом, призывает божество, способное победить противника, и божественный писец Тот отвечает ему кратко и ясно: «Призови сокола Ком-Омбо!» Сокол, господствовавший в северной половине храма, делил святилище с крокодилом, воплощением бога Себека, владевшим южной половиной храма. Около храма находится некрополь священных крокодилов, и надписи гласят, что эти грозные создания питались самой разнообразной пищей – и мясом, и медом. Крокодил в воде не менее стремителен и яростен, чем сокол в небе.
Но эти священные животные были не только хищниками. Они помогали солнцу в его ежедневном сражении с тьмой. Хор уничтожает зло на земле, посылает свет, способствующий росту всего живого; Себек, вышедший из глубин первозданного океана, владеет «тайной жизни». Он вскормлен грудью богини и столь могуч, что может удержать весь мир на своей спине.