Именно на острове Филэ, где почиталась память Имхотепа, найдена самая поздняя из известных иероглифических надписей, датируемая 394 г. н. э. Именно здесь последние жрецы совершали обряды предков, когда христианство уже распространилось по всей стране. Паломники все еще приходили из Нубии, чтобы поклониться великой богине.
В роковом 550 г. византийский император Юстиниан повелел закрыть последний храм Древнего Египта. Врата святилища были разрушены, жрецов прогнали, оскверненный наос и гипостильный зал были превращены в христианскую церковь.
На острове Филэ находилось несколько сооружений, главным из которых был храм Исиды. Высадившись на южной оконечности острова, паломники проходили мимо павильона Нектанеба I (№ 2), а затем между двумя длинными портиками (№ 3) к появлявшемуся перед ними храму Исиды. Западная часть святилища была перекрыта сводом, символизирующим небо.
На краю острова находится одно из самых красивых архитектурных сооружений святилища – прямоугольный в плане павильон Траяна – портик с четырнадцатью колоннами (№ 4). Чуть дальше к востоку от большого храма расположено малое святилище Хатхор (№ 5): на острове с незапамятных времен поклонялись не только Исиде, но и Хатхор, повелительнице Нубии, возвращавшейся с палящего юга в облике львицы Тефнут. Здесь она впервые ступала на египетскую землю и отдыхала. Обрадованная тем, что земля вновь насыщена паводком, львица превращалась в Хатхор, госпожу веселья. Рельефы изображают обезьян, которые играют на музыкальных инструментах, и бога Беса с тамбурином и арфой.
Перед первым пилоном (№ 6) храма Исиды находится широкая площадка. На фасаде пилона изображен фараон, поражающий врагов священной булавой, сцены приношений и вереницы лодок. Перед пилоном возвышались два обелиска времен Птолемея II Эвергета, находящиеся сейчас в Кингстон-холле (Великобритания). У входа – знаменитая надпись в память о походе наполеоновского маршала Дэзе.
Входим в большой двор (№ 7), в глубине которого возвышается второй пилон (№ 8). На западной стороне двора находится маленькое приземистое здание маммисия (№ 9), поддерживаемое хаторическими колоннами. На стенах маммисия изображены сцены рождения ребенка и кормления его грудью и бог Хнум, создающий ка ребенка на гончарном круге.