Осенью произошло одно из самых кровопролитных сражений, не принесшее победы ни одной из сторон, однако вскоре после этого объединенное войско феодалов отступило в соседние селения, оставив гарнизон в осадных укреплениях. Вокруг восставших была создана мертвая зона — крестьян окрестных деревень выселили из их мест, чтобы они не смогли оказывать помощь продовольствием. Установилась блокада лагеря.
В сентябре 1306 г. папа снова обратился с буллою к графу Савойскому, архиепископу Милана и ломбардским инквизиторам. Против восставших крестьян поднялась вся феодальная Северо-Западная Италия. Официально был объявлен крестовый поход против еретиков. Несмотря на некоторые успехи,— восставшие овладели несколькими из соседних фортов, выбив оттуда оставленные гарнизоны,— их положение стало катастрофическим. Кольцо блокады сужалось. Среди апостольских братьев начался повальный голод. Измученные продолжающимися несколько лет лишениями, повстанцы не выдержали тягот новой зимы; голод и холод косили ряды осажденных. В марте 1307 г. Райнерий решил перейти к открытым действиям и предпринял штурм цитадели. Три дня продолжалась последняя битва, сотни повстанцев пали, дорого отдав свои жизни; многих взяли в плен. Среди них оказались и руководители — Дольчино, Маргарита, Лонгино ди Бергамо. Суд и следствие были недолги, спустя три месяца всех троих приговорили к казни. По наиболее распространенной версии, Маргариту сожгли первой — на глазах Дольчино; затем наступила очередь измученного пытками, но до последнего момента сохранявшего присутствие духа вождя повстанцев.
Во время восстания, в ходе вооруженной борьбы в большей степени проявляются те характерные черты, которые намечались в идеологии апостольских братьев предыдущего времени.
Анонимный историк сообщает, что восставшие во главе с Дольчино считали, что им «позволено вешать, казнить и убивать людей, повинующихся римской церкви, а также жечь, брать в плен и требовать с них выкуп; и в этом для них никакого нет греха».