Однако эти блистательные победы оказались недолговечными. Уже через несколько лет, сразу же после смерти Цимисхия (976), мощное восстание показало, что Болгария не прекратила существования с падением своей столицы. Начавшись под предводительством четырех так называемых комитопулов: Давида, Аарона, Моисея и Самуила (один из них погиб около Преспы в столкновении с «кочующими влахами»), восстание преследовало цель создания в Центральной Македонии нового болгарского государства во главе с Самуилом. Государство Самуила занимало значительную часть Балканского полуострова от Адриатики до Черного моря. Оно было пестрым по этническому составу и помимо болгар включало сербов, албанцев, хорватов, македонских славян и греков, балканских влахов и западных румын. Главной заботой императора Василия II Македонского стала война против нового царства, потребовавшая привлечения значительных военных ресурсов империи на протяжении более чем двух десятилетий. На время этой длительной войны дунайские земли превратились в важный театр военных действий. Самуил расширил пределы подвластной ему территории на севере от Хема до Дуная в районе Видина, а на востоке включил в нее часть греческого побережья, а также Преслав — старую столицу царей Симеона и Петра. Северная часть Добруджи, защищенная земляным валом, тянувшимся от Аксиополя до Том, и Доростол оставались, однако, под властью Византии, что обеспечивало контроль византийского флота над низовьями реки. Развернувшиеся в этой зоне военные операции были нацелены на разрушение морской базы византийцев в Пэкуйул-луй-Соаре, которую тем пришлось восстанавливать. После 996 г. Василий II предпринял масштабное наступление на всем протяжении Нижнего Подунавья — от Плис-ки до Видина — с целью нанесения удара по центру царства Симеона в Македонии. В 1018 г. Балканы снова полностью перешли под контроль Византии и сразу же подверглись военному и административному переустройству. Тогда же была введена новая организация церкви.