Опора на церковнославянский и греческий языки обучения отрезала их от основного направления европейской культуры, препятствовала выпускникам братских школ продвигаться по служебной лестнице, так как в Польше царили латинский и польский языки.
Вопрос об унии, т. е. объединении христианских церквей, возник не позднее XIII века. Важно отметить, что Русь и после раскола 1054 года эпизодически поддерживала связи с римской курией: так, в 1091 году к папе был направлен посланник от киевского митрополита, доставивший оттуда святые мощи; в 1106 году в Новгороде создал монастырь Антоний Римский, позже причисленный к лику святых православной церковью. И все же предложение легата папы Александра III в 1160-х годах о религиозном диспуте в Киеве митрополит Иоанн IV не поддержал, сославшись на целесообразность его проведения в Константинополе.
Известно, что в 1439 году на Флорентийском соборе идея унии была формально реализована, но в нем не участвовали представители московского православия и польской католической церкви. Активными пропагандистами унии были иезуиты, а также та часть православного духовенства, которая очень болезненно переживала упадок православия и желала путем объединения с Римом избавиться от диктата польского католицизма и влияния Московской митрополии. В этот период папская власть приобрела четкую и эффективную централизацию, упорядоченность, добилась высокого уровня образования у ксендзов и кардиналов. Высший клир Украины надеялся с помощью унии получить равные права с польским, знать — возможность занимать высшие посты в структурах управления Речи Посполитой, мещанство — места в цехах, магистратах, судах.
По инициативе львовского владыки Г. Балабана с 1590 года в глубокой тайне шли переговоры епископов о подготовке религиозного союза православной церкви Украины и Белоруссии с Римом. Их участники осознавали, что массы отрицательно относились к этой идее, а братства и казачество были настроены враждебно, непримиримо.