Когда в 1631 году он добился одобрения своего учебного заведения патриархом, травля архимандрита и ста его учеников усилилась, причем казаки даже угрожали смертью за введение в обучение польского и латинского языков. Но рядом искусных дипломатических маневров П. Могила нейтрализовал оппонентов, добился в 1632 году слияния своей школы с братской школой на Подоле. 12 марта 1632 года в Каневе гетман И. Пет-ражицкий и представители запорожцев подписали документ о протекции над Киево-Братским (Могилянским) коллегиумом.
Хотя иезуиты, опасаясь конкуренции со стороны коллегиума (их первая школа была открыта в 1620 году на Подоле), апеллировали к польским властям с требованием не допустить перехода высшего образования в руки украинцев, в 1635 году король Владислав IV узаконил Киево-Могилянский коллегиум, отказав все же вправе именоваться академией, вводить ряд дисциплин.
Под контролем П. Могилы находились учебные заведения в Кременце на Волыни, в Виннице на Брацлав-щине. И все же отметим для сравнения: университет в Оксфорде создан в 1102 году, вСаламанке и Валенсии — в начале XIII века; в Италии с 1245 до 1444 года открыто девять университетов, в Германии к 1476 году их было 13 и т. д.
Обучение в Киево-Могилянском коллегиуме продолжалось пять лет. Изучались греческий, латинский, польский, славянский языки, арифметика, катехизисы, литургия, литературная теория и практика, риторика, диалектика, логика, этика, физика, метафизика. В качестве учебников использовались книги таких авторов, как С. Полоцкий, Ф. Прокопович, М. К. Сарбев-ский, Я. Кохановский, С. Твардовский, И. Гизель, С. Ожеховский, И, Конопович-Горбацкий, изучались труды Э. Роттердамского, Аристотеля. В старших классах домашние задания не практиковались, но каждую субботу проводились диспуты, а в конце года и курса — публичные диспуты на латыни. Число студентов коллегиума доходило до пятисот. Жили они очень бедно, нередко даже просили милостыню, потому что пожертвований на их содержание совершенно не хватало.