28—29 июня (8—9 июля) 1659 года у реки Сосновки под Конотопом состоялась битва, в которой войска А. Трубецкого и И. Беспалого потерпели серьезное поражение. Более 5 тысяч русских было убито, столько же казнено по приказу хана. Затем татарские отряды совершили рейд по территории России, достигнув Тулы и Воронежа. Они разорили около 30 городов, сотни сел, пленив более 30 тысяч жителей. По приказу И. Выговского были сожжены все населенные пункты между ГадЖгем и Лохвицей, а их жители переселены на Правобережье.
Победа под Конотопом не укрепила положения гетмана — скорее наоборот. Массовое недовольство среди населения Левобережья вызвали сведения об утверждении Гадячской унии в урезанном виде, В августе о переходе на сторону царя заявили полковники В. Золотаренко, Т. Цицюра, Я. Сомко, И. Богун, И. Искра, а кошевой Запорожской Сечи И. Серко вынудил татарские отряды отступить в Крым. На казачьей раде под Германовкой в октябре 1659 года были зарублены вернувшиеся из Варшавы послы гетмана, а сам И. Выговский, сложив полномочия, вынужден был спасаться бегством. Перейдя под покровительство Польши, он получил пост воеводы Киевщины, но в 1664 году его расстреляли польские власти по доносу гетмана Правобережья П. Тетери.
Настроенная в пользу царя «черная рада» под Фас-товом (в октябре 1659 года) избрала гетманом Украины Юрия Хмельницкого. Надо отметить, что далеко не все старшины и казаки восприняли данное решение положительно. Прибывшие в ноябре 1659 года в Москву полковники П. Дорошенко и А. Одинец напрасно пытались добиться аннулирования неприемлемых для Украины статей нового Переяславского договора. К тому же отсутствие твердой политической воли у Ю. Хмельницкого, неуравновешенность характера делали гетмана послушным орудием в руках старшинских группировок.
Об уровне кризиса в Украине достаточно красноречиво свидетельствовало письмо И. Выговского к королю Польши (в конце 1659 года). В нем он взывал к Яну Казимиру: идите безбоязненно на Украину, потому что уничтожен 40-тысячный Полтавский полк, 30-тысячный Миргородский, почти целиком — Прилуцкий и Ир-клеевский полки, крапивой поросли города и села.