Воспользовавшись такой ситуацией, правительство Турции изъявило согласие взять под свою протекцию обе части Украины. В июне 1668 года войска П. Дорошенко переправились через Днепр и стали продвигаться по территории Левобережья. После убийства казаками И. Брюховецкого (вероятно, с одобрения П. Дорошенко) казачья рада 20 июня избрала П. Дорошенко гетманом всей Украины. Но уже во второй половине июля 1668 года угроза вторжения на Правобережье польских войск, возобновление спора за булаву части оппозиционных старшин, а также семейные неурядицы вынудили П. Дорошенко покинуть Левобережье, не закрепив успеха. Для организации здесь обороны он оставил наказного гетмана — черниговского полковника Д. Мно-гогришного. Но в декабре 1668 года старшины Нежинского, Стародубского, Черниговского полков избрали его гетманом Левобережной Украины, а 13 марта 1669 года в Глухове воеводы России утвердили это решение от имени царя и заключили с ним новый договор. Гетма-нат сохранил автономию, имея право на 30-тысячный казачий реестр, собирание налогов, но не мог заниматься внешней политикой, а русские гарнизоны оставались в пяти городах Левобережья.
На Правобережье казачья рада в марте 1669 года одобрила принятие турецкого протектората, но на условиях широчайшей автономии края. П. Дорошенко в ожесточенной борьбе с писарем Войска Запорожского П. Суховеем, уманским полковником М. Ханенко, а также вернувшимся в большую политику Ю. Хмельницким удалось отстоять гетманский пост. Он старался наладить отношения с Польшей путем установления федеративной связи, вел дипломатические переговоры с курфюс-том Бранденбурга Фридрихом Вильгельмом, царем, гетманом Д. Многогришным. Последнего арестовали 13 марта 1672 года старшины-заговорщики Д. Райча, К. Мокриевский, П. Забила, недовольные его антирусской политикой. После суда в Москве, где гетмада обвинили в намерении создать потомственное гетмансуэо, в тайном союзе с П. Дорошенко, интригах против польско-российского сближения, он вместе с семьей был сослан в Сибирь.