Однако самым известным основателем церквей и монастырей был господарь Ште-фан Великий (1457—1504). Наследники Штефана следовали его примеру, строя по всей территории Молдовы многочисленные церкви и монастыри. Монастыри Нямцу, Козия, Путна, Тисмана превратились в крупные культурные центры, при которых действовали школы, ремесленные курсы, готовились сельские учителя, были открыты мастерские живописи, скульптуры, по обработке металлов и дерева.
Монастыри освобождались от податей, однако известны случаи, когда некоторые господари, прибегая к крайним мерам, облагали их налогами. Так, валашский господарь Михня (1577 — 1591) обложил обители податью с целью сбора необходимой суммы для платы дани Порте, однако вскоре отказался от этого. Господари Молдовы Деспот Водэ (1561 — 1563) и Иоан Водэ Лютый (1572— 1574) также посягнули на имущество монастырей. Последний перевел в казну значительную часть монастырских доходов, а при оказании сопротивления подвергал монахов наказаниям и пыткам. Однако это были исключения; подавляющее большинство господарей остались в памяти потомков как покровители монастырей.
Монастыри изначально пользовались автономией, выбирая своих игуменов без вмешательства церковной иерархии или господаря. Тем не менее иногда эти принципы нарушались. Например, в 1596 г. господарь Михай Храбрый совместно с митрополитом Евфимием, епископами Рымника и Бузэу и со всем собором обсуждали возможность изменения существующих правил монастырской автономии. В целом, однако, господарь и церковь действовали сообща. Исключением стала попытка бывшего константинопольского патриарха Нифона, ставшего при Раду Великом митрополитом Валахии, ущемить власть господаря. Реакция последнего была незамедлительной: «Вон из нашей страны, ибо мы не согласны с твоей жизнью, бытом и твоими наставлениями, а также с нарушением наших обычаев». С другой стороны, за попытку «изменения существующих правил и развала страны» был низложен господарь Деспот Водэ, обвиненный в «ереси» (протестантстве) и во враждебном отношении к церкви Молдовы, покровителем которой он должен был быть.