Этот высокообразованный человек, католик по вероисповеданию был талантливым политическим деятелем. Для сохранения автономии княжества в условиях острого соперничества между Стамбулом и Габсбургами ему приходилось проводить весьма осторожную политику. Он тайно присягнул на верность императору, добившись от него помощи против своего соперника, который, в свою очередь, обратился к туркам, обещая им удвоить дань. Батори сумел уклониться от выполнения требования султана выступить в 1574 г. против господаря Молдовы Иона Водэ, но был вынужден направить свои войска, чтобы в 1577 г. посадить на престол Петра Хромого. Несмотря на увеличение объема ежегодной дани Порте с 10 до 15 тыс. золотых флоринов, положение Иштвана Батори после 1575 г. существенно упрочилось. Внутри страны он посредством умеренных и осторожных мер поддержал католицизм, ослабленный торжеством протестантского вероисповедания. Вскоре Батори обратился за помощью к Риму, потребовав направить к нему иезуитов для оказания поддержки местным католикам. В 1579 г. члены Общества Иисуса появились в Клуже, Алба-Юлии и Орадя. Несмотря на недовольство большой части протестантского населения, иезуиты собрали огромные пожертвования и развернули активную деятельность в области образования.
В политике Иштвана Батори нашлось место и румынам. С одной стороны, значительной была их численность как потенциальных налогоплательщиков, а с другой — он мог использовать их в качестве противовеса протестантам. К тому времени православные румыны были переведены под начало кальвинистской высшей иерархии, что вызвало среди них сильное недовольство. В 1571 — 1572 гг. князь восстановил православную иерархию и признал православного иеромонаха Евфимия «епископом румын».
После поражения в 1575 г. Гашпара Бекеша противостояние между трансильванским князем и Веной усилилось в связи с вопросом об избрании на польский трон, освободившийся после краткого пребывания на нем французского принца Генриха Валуа. В конечном счете при поддержке Османской империи Иштван Батори в 1575 г. был избран королем Польши. По сути, имела место личная уния между Трансильванией и Польшей, так как из Кракова Батори продолжал править и своим княжеством.