В сих хижинах должны были поместиться командоры и кавалеры. Через несколько дней великий магистр принял во владение и столичный город, имеющий в окружности всего 1300 шагов».
Укрепления острова представляли собой жалкое зрелище: малочисленные, обветшавшие, они уже давно не использовались для обороны. На первое время защиту мог обеспечить лишь упомянутый в документе форт Сан-Анжело, хотя и тот требовал значительной перестройки. Единственным утешением послужила удобная гавань, впоследствии названная Большой. Расширенная и благоустроенная, в обновленном виде она сыграла существенную роль в развитии мальтийского флота.
Водное пространство залива делилось на части с помощью трех полуостровов. Оконечность одного из них занимал город Сенглеа, защищенный фортом Сан-Микаэль. Пустынные берега полуострова-горы Сцеберрас охранял форт Сан-Эльмо, названный в честь похожего укрепления на Родосе. Прикрывая вход в гавань, он препятствовал обстрелу крепости Биргу, стоявшей на третьем полуострове, за каменными стенами форта Сан-Анжело. Именно этот крошечный город глава ордена выбрал для устройства своей первой резиденции.
Разместив штаб-квартиру на побережье, братья отделились от мальтийской аристократии, обитавшей в Мдине, расположенной в глубине острова. Благородная древность старой столицы перекликалась с происхождением ее жителей, большинство из которых считали себя потомками знатных финикийских семейств. Новые хозяева тоже гордились своей родовитостью и могли быть достойными соседями местных, однако те, обиженные невниманием папы, сотрудничать с непрошеными гостями отказались.
С XVI века Средиземноморье являлось ареной морских войн, важную роль в которых сыграли орденские мореходы. Прибыв на новые земли, они располагали небольшой флотилией, состоявшей из военного корабля «Санта-Анна», галер «Сан-Джованни», «Санта-Мария Витториозо», «Аквилла» и нескольких торговых судов.