Перед началом возведения фортификационных сооружений нужно было устроить широкий ров между двумя гаванями, чтобы отделить будущий город от основной части острова. По документам тех лет длина его составила 1000 м, глубина – 18 м и ширина – 20 м. Основные контуры построек намечали глинобитные стены и траншеи. Проектом предусматривалось срыть Сцеберрас, но завершить начатую планировку не удалось, поскольку, получив весть о скором нашествии турок, рыцари бросили основные силы на возведение стен. Таким образом Валлетта осталась на холмах и, как выяснилось, к счастью, ведь крутые улочки, сбегающие вниз по склонам горы, составляют характерную и весьма привлекательную особенность города.
Всего несколько лет потребовалось строителям, чтобы завершить работу над созданием круговой оборонительной системы, состоящей из связанных между собой бастионов, равелинов, дозорных башен. Если учитывать объем работ, примитивные орудия и консерватизм позднего Средневековья, то столь короткий срок являлся рекордным. Никогда еще в Европе город целиком не строился по заранее подготовленным планам и чертежам. Его великолепие сложилось из таких составляющих, как единый стиль построек, мастерская работа каменщиков, но главное – однородность удивительно красивого материала, в качестве которого зодчий выбрал золотистый известняк.
Средневековые города возникали сами собой и строились стихийно, без учета природных особенностей. Великий магистр не хотел видеть новую столицу только лишь неприступной крепостью. По замыслу ей надлежало стать символом культурной и созидательной мощи ордена: «Мы – господа, строим великий город для господ». Основной рабочей силой выступали, конечно, не кавалеры. На ближайших к побережью холмах круглыми сутками копались тысячи наемных рабочих, прибывших из Сицилии и окрестных селений. Время прокладки улиц настало только после того, как поверхность площадки была выровнена, а почва осушена.