Зато разгром турецкого флота в проливе Дарданеллы имел последствием события 1615 года, когда прибывший на Мальту 5-тысячный турецкий отряд закончил операцию на дне моря.
К 1632 году на архипелаге проживало около 50 тысяч человек. Большая их часть проживала в столице и близлежащих селениях Биргу и Сенглеа, составлявших единый укрепленный комплекс вокруг Большой гавани. В то время значительно усиленный флот госпитальеров часто вступал в неравные схватки и неизменно выходил победителем. В хрониках описаны победы мальтийцев над превосходящими силами врага: «Военные подвиги кавалеров не переставали возвышать славу их оружия. Брат Адриан Ланго с одним кораблем „Святая Екатерина“ атаковал 7 алжирских кораблей, обратил их в бегство и даже захватил один, именовавшийся „Полумесяц“, уничтожив 40 пушек и 400 человек экипажа, тогда как сам потерял только 7 матросов».
Мальтийский орден официально являлся сувереном и в этом качестве присутствовал на самых престижных европейских собраниях: Вестфальском мирном конгрессе и Нюрнбергских переговорах суверенов – участников мирного договора. Кроме того, кавалеры принимали участие в заключении мирных договоров в Ниймегене, Утрехте, присутствовали на переговорах Польши с Россией в конце XVIII века. С 1607 года звание «великий магистр» объединялось с титулом «князь Священной Римской империи», а немного позже дополнилось соответствующим кардиналу статусом «высокопреосвященство», который иногда переводится как «преимущество» или «преимущественнейшая светлость». Постоянные посольства иоаннитов находились при королевских дворах в Риме, Париже, Мадриде, Вене, а многие из освоивших дипломатию кавалеров служили поверенными европейских монархов.
В течение всей мальтийской истории мощный орденский флот принимал активное участие в армейских операциях, предпринимаемых союзными державами в Средиземном море. Приоритет военного дела не помешал развитию искусства и науки, занятия которыми поощрялись всеми главами ордена.