Именно меры в пользу румын нанесли удар по его господству, так как нерумынские институты власти ревниво следили за тем, чтобы не допустить превращения Трансильвании с преобладающим румынским населением в румынское государство, подобное Валахии и Молдове. С определенного момента сословия, прежде всего знать, отказались от сотрудничества с господарем и стали готовить заговор против «Валаха».
Еще летом 1598 г. Михай намеревался выступить против Иеремии Могилы; осенью 1599 г. конфликт с господарем Молдовы обострился из-за предоставления последним убежища Жигмонду Батори. Вена не одобрила этого, опасаясь непредвиденных последствий (возможности открытого конфликта с Польшей). Михай самостоятельно принял решение в этом вопросе, и в мае 1600 г. его войска вступили в Молдову, где практически не встретили серьезного сопротивления. Часть бояр присягнула ему на верность, и до назначения нового господаря там было образовано господарское наместничество. Митрополитом страны стал Дионисий Ралли.
Лето 1600 г. стало кульминацией правления Михая Храброго. Он сделался единоличным правителем всех трех княжеств, населенных румынами, и принял титул: «Михай Воевода, милостью Божьей господарь Валахии, Трансильвании и всей Молдовы».
Михай, однако, имел множество врагов среди венгерской знати, сторонников семьи Могила, своих противников в Валахии, поляков и др. Недовольная его налоговой политикой, беспорядками, действиями наемников, не получивших вовремя жалованье, и «влашским» правлением в целом, трансильванская знать открыто выступила против. Она проигнорировала призыв господаря принять участие в работе сословного собрания в Себеше и собралась в Турде, где избрала своим руководителем Штефана Чаки и провозгласила начало восстания против «валашского тирана». К восставшим примкнули трансильванские города, саксы, М. Шекели, генерал Баста и в битве под Мирэслэу 18 сентября 1600 г. Михай потерпел поражение. Предоставление ему императором права губернатора Трансильвании оказалась запоздалой мерой. Михай перешел в области к югу от реки Муреш, а восставшие заняли Алба-Юлию, где учинили расправу над представителями господаря, снесли построенную тремя годами ранее православную церковь, осквернили могилу похороненного там бывшего господаря Молдовы Арона Водэ. В сентябре — октябре 1600 г. в Молдову и Валахию вошли польские войска.