Попытки Басты, ставшего губернатором, высшим комиссаром и главнокомандующим страны, создать наемную армию, а также грабежи, налоговое бремя, чума, голод, насильственная католизация и попытки Рудольфа II превратить Трансильванию в австрийскую провинцию вызвали недовольство во всех сословиях. Туркофильская часть знати объединилась вокруг Мозеша Секея, который добился поддержки Порты в обмен на обещание уступить османам крепости Липова и Инеу. В мае —июне 1603 г., опираясь на военную поддержку турок, Мозеш Секей восстал против власти Габсбургов в Трансильвании. Для восстановления статус-кво валашский господарь Раду Шербан по просьбе Вены ввел в Трансильванию войска и 17 июля 1603 г. одержал победу в бою под Брашовом. Мозеш Се-кей пал на поле битвы, а румынский господарь с июля по сентябрь 1603 г. стоял во главе Трансильвании. Спустя некоторое время генерал Баста и императорские эмиссары восстановили контроль императора над провинцией (1603 — апрель 1604 г.).
Часть сословий Трансильвании, недовольная сложившейся обстановкой, сделала ставку на Иштвана Бочкаи, бывшего сторонника Габсбургов, перешедшего на сторону проосманских сил. Хороший военачальник и умелый дипломат, он сумел добиться поддержки гайдуков и секеев обещаниями восстановить прежние свободы. Постепенно он приблизил к себе и остальные сословия. Особенно ярко это проявилось после того, как Порта признала его князем Трансильвании и послала ему в ноябре 1604 г. символы власти. Для полного успеха ему оставалось добиться поддержки саксов и города Сибиу, хранивших верность Габсбургам и питавших надежду на их возвращение при поддержке валашского господаря Раду Водэ.
Военные успехи Бочкаи в борьбе против Габсбургов (захват крепостей Сату-Маре, Уйвар, Токай и прилегающих к ним территорий) укрепили его внутреннее положение и внешнеполитический престиж. Собравшиеся на общем собрании в Медиаше 14 сентября 1605 г. трансильванские сословия присягнули на верность князю Иштвану Бочкаи, явившемуся с многочисленной свитой на торжество, в котором участвовали также послы румынских господарей и султана. Пятого августа 1605 г. в Тырговиште было заключено соглашение о союзе между Трансильванией и Валахией.