Политическая история фанариотского режима характеризуется значительными территориальными потерями. В 1713 г. Порта превращает Хотин в часть империи, а по условиям Пожаревацко-го мирного договора (1718) Валахия теряет Олтению, перешедшую под власть Австрии; в 1775 г. империя поглощает и северную часть Молдавии. После заключения Кучук-Кайнарджийского мира (1774), еще сильнее подчеркнувшего упадок Османской империи и рост значения России в Восточной и Юго-Восточной Европе, начинается разложение фанариотского режима. В условиях обострения кризиса империи фанариотский режим становится недееспособным, несмотря на попытки реорганизации в правление Александра Ипсиланти в Валахии (1774—1782). Произвол османских властей и новые волны греков из Фанара препятствуют проведению реформ и обеспечению стабильности, к которой стремилась империя. Политическая жизнь княжеств все более зависит от политических и военных столкновений великих держав.
Новая русско-австро-турецкая война (1787—1792) опять превратила территорию княжеств в театр военных действий и привела к установлению австрийской власти в Валахии и частично в Молдавии.
Очаковский кризис, возникший как следствие стремления России к расширению посредством захвата земель, принадлежавших Османской империи, убедил великие державы — особенно Англию — в необходимости сохранения status-quo в Юго-Восточной Европе. Хотя мирные договоры, подписанные Османской империей с Австрией в Систове (1791) и с Россией в Яссах (1792) в момент, когда на Западе происходили важные события — восстание в Нидерландах и революция во Франции, — не изменили статуса княжеств, в истории Юго-Востока Европы открылась новая глава. При Константине Ипсиланти (1799—1801) и Александре Морузи (1802—1807) действия великих держав в регионе, а также связи с Россией и освободительным процессом на Балканах еще более усилили антиосманские настроения в княжествах. В 1805 г. Россия оккупировала Молдавию и Валахию и начала новую войну с Турцией (1806— 1812), в которой приняли участие румынские добровольцы. Подписание Бухарестского мира (1812) привело, однако, к потере Молдавией территорий между Прутом и Днестром, отошедших к России, и имело следствием временное продление жизни фанариотского режима.