Так восстания удельных князей, имевшие следствием кровавые явления в правление Темного, при сыне его благодаря окончательным распоряжениям отца кончились одним страхом для московского народонаселения и грабежом некоторых пограничных волостей. Истощенная Орда, не могший справиться с собственными или ближайшими, по его мнению, делами на западе Казимир, трепетавший в предсмертных движениях Новгород не могли дать удельным князьям продолжительной опоры; страх, и то страх мнимый, пред могуществом Ахмата заставил Иоанна уступить Андрею Можайск, но эта уступка была последняя и ненадолго. Не знаем, на сколько мы должны верить приведенному выше известию, будто Иоанн оправдывал заключение брата опасением, что Андрей по смерти его станет ссорить внука его и сыновей: действительно, отношения в самой семье великокняжеской, как они были одно время, могли подать удельным князьям надежду более крепкую, чем подавали им прежде Орда, Литва и Новгород.
Мы видели, что Иоанн еще в очень молодых летах, при жизни отцовской, по обстоятельствам политическим женился на Марии Борисовне, дочери великого князя тверского. Иоанн недолго жил с ней: в 1467 году Мария скончалась; тело ее так распухло, что покров, который прежде был велик, висел по краям, теперь уже не мог прикрывать покойницы; начали толковать, что княгиня была отравлена; дознались, что одна из женщин ее, Наталья, жена Алексея Полуехтова, посылала пояс к ворожее; великий князь рассердился и на мужа, и на жену и шесть лет потом не пускал Полуехтова к себе на глаза. От этой первой жены Иоанн имел сына, именем также Иоанна, для отличия называемого Молодым, которого по примеру отцовскому назвал великим князем, чтоб отнять у братьев предлог к предъявлению старых прав старшинства пред племянником, и вследствие этого мы видели, что грамоты писались от имени двоих великих князей, посольства отправлялись также к двоим, и ответ на них давали от двоих.