Берсень отвечал: «Господин, какова бы она ни была, да к нашему нестроению пришла. Которая земля переставляет обычаи свои, та земля недолго стоит, а здесь у нас старые обычаи великий князь переменил; так какого добра от нас ждать?» В чем же, по мнению Берсеня, состояла эта перестановка обычаев? «Лучше, - говорит он, - старых обычаев держаться и людей жаловать, и старых почитать; а теперь государь наш, запершись сам-третей у постели, всякие дела делает». Итак, перестановка обычаев состояла в том, что великий князь, отстранив прежнее влияние дружины, начал думать особо свою думу, с кем хотел, и теперь уже дружина не могла сказать ему по-прежнему: «Ты, князь, сам собою это замыслил, так не едем за тобой, мы об этом ничего не знали»; не смела она сказать теперь этого, потому что московские князья уничтожили отдельные волости и боярам некуда уже стало более отъехать. Но не одни недовольные князья и бояре оставили нам свидетельства о важном влиянии Софии на перестановку обычаев в Русской земле; есть свидетельства более беспристрастные: Герберштейн, бывший в Москве в княжение сына Софии, говорит об ней: «Это была женщина необыкновенно хитрая; по ее внушению великий князь сделал многое», Наконец, летописцы подтверждают это, говоря, например, что по внушениям Софии Иоанн окончательно разорвал с Ордою.
26 марта 1479 года родился у Софии первый сын Василий-Гавриил; в 1490 году старший сын Иоаннов, молодой великий князь Иоанн, разболелся ломотою в ногах («камчюгом»); в это время был в Москве лекарь, мистр Леон, жид, вызванный русскими послами из Венеции; Леон объявил отцу больного: «Я вылечу сына твоего; а не вылечу, вели меня казнить смертною казнью». Великий князь велел лечить; Леон стал давать больному лекарство внутрь, а к телу прикладывать стклянки с горячею водою; но от этого лечения Иоанну стало хуже, и он умер 32-х лет. Старый великий князь велел схватить лекаря, и, как минуло покойнику сорок дней, Леона казнили смертью.