Узнав об этом, Иоанн писал Магмет-Аминю: «Ты бы в Казани и во всей своей земле заповедал всем своим людям, чтоб из Казани через Мордву и Черемису на Муром и Мещеру не ездил никто; а ездили бы из Казани все Волгою на Новгород-Нижний». Желая жениться на дочери ногайского хана, Магмет-Аминь испрашивал на то согласия великого князя; наконец, видим, что на казанские волости наложена была известная подать, шедшая в московскую казну и сбираемая московскими чиновниками; так, Магмет-Аминь жаловался великому князю, что какой-то Федор Киселев притесняет цивильских жителей, берет лишние пошлины.
Но сам Магмет-Аминь возбудил против себя негодование вельмож казанских разного рода насилиями. В мае 1496 года он известил великого князя, что идет на него шибанский царь Мамук с большою силою, а внутри Казани измена: сносятся с неприятелем князья Калимет, Урак, Садырь и Агиш. Иоанн велел идти к нему на помощь воеводе своему, князю Семену Ряполовскому, с детьми боярскими московского двора и понизовых городов; когда Калимет с товарищами узнали о приближении московского войска, то выбежали из Казани к Мамуку, который также испугался и ушел домой. Но только что московское войско успело возвратиться, как недовольные казанцы дали об этом знать Мамуку, и тот явился под Казанью с большою силою ногайскою и князьями казанскими;
Магмет-Аминь, боясь измены, выбежал из Казани с женою и верными князьями и приехал в Москву, где великий князь держал его в чести. Мамук вошел в Казань без сопротивления, но начал царствование тем, что схватил своих старых доброжелателей, Калимета с товарищами, ограбил купцов и всех земских людей. Князей он скоро выпустил и пошел с ними осаждать Арский город; но арские князья города своего ему не сдали и бились крепко; в то же время и князья казанские убежали из его стана в Казань, укрепили город, не пустили в него Мамука и послали в Москву бить челом великому князю, чтоб простил их за измену и пожаловал, не присылал бы к ним прежнего хана Магмет-Аминя, потому что от него большое насилие и бесчестие женам их.