Положение Новгорода во время окончательной борьбы с Москвою и непосредственно после нее не давало его церковному правительству возможности обратить надлежащее внимание на ересь. Слава благочестивой жизни и мудрости двух главных еретиков новгородских, Дионисия и Алексея, достигла до того, что обратила на них внимание великого князя, когда он приехал в Новгород в 1480 году, и оба они взяты были в Москву: один был сделан протопопом в Успенский, другой - священником в Архангельский соборы; здесь они скоро распространили свое учение и между людьми известными, могущественными по своему влиянию; в числе принявших это учение были: симоновский архимандрит Зосима, славный своею грамотностию и способностями дьяк Федор Курицын с братом Иваном Волком, невестка великого князя Елена, мать наследника престола; Иоанн знал, что эти люди держат новое учение, но по характеру своему не спешил принять решительных мер, ждал, пока дело объяснится, особенно видя приверженность к новому учению людей, которых не мог не уважать в том или другом отношении.
Новгородский владыка Феофил, по известному нам уж положению его, не мог обратить должного внимания на еретиков в своей пастве; еще менее мог сделать это преемник Феофила Сергий; но Геннадию скоро случай открыл глаза; с распространением ереси в числе ее приверженцев, разумеется, нашлись люди, которые уже не отличались такою чистотою поведения, как первые еретики, или уже не считали более нужным притворствовать. Геннадию донесли, что несколько священников в пьяном виде надругались над иконами; архиепископ немедленно дал знать об этом великому князю и митрополиту, нарядил следствие, обыскал еретиков и отдал их на поруки, но они убежали в Москву; Геннадий отправил туда следственное дело. 13 февраля 1488 года он получил от великого князя такую грамоту: «Писал ты ко мне и к митрополиту грамоту о ересях, о хуле на Христа, сына божия, и на пречистую его богоматерь и о поругании св. икон, что в Новгороде некоторые священники, дьяконы, дьяки и простые люди жидовскую веру величают, а нашу веру, православную Христову, хулят, и список этих ересей прислал ты к нам; я с своим отцом митрополитом, епископами и со всем собором по твоему списку рассудили, что поп Григорий семеновский, да поп Герасим никольский, да Григорья попа сын, дьяк Самсонка, по правилам царским заслужили гражданскую казнь, потому что на них есть свидетельства в твоем списке, а на Гридю, дьяка борисоглебского, в твоем списке свидетельства нет, кроме свидетельства попа Наума.