Опасения умирающего сбылись: тотчас после похорон Василия вдове его донесли уже о крамоле. Летописцы оставили нам об этом деле разные свидетельства: по одним, двое князей Шуйских, Иван и Андрей Михайловичи, еще при великом князе Василии отъезжали к удельному князю Юрию; Василий отправил к брату с требованием их выдачи, и тот беспрекословно исполнил это требование; Василий велел оковать отъезжиков и разослать их по разным городам; но великая княгиня Елена, ставши правительницею, приказала освободить их по ходатайству митрополита и бояр. Первым делом Андрея Шуйского по возвращении в Москву была новая крамола: он начал подговаривать князя Бориса Горбатого к отъезду, объявил, что князь Юрий зовет его, Андрея, к себе и он хочет к нему ехать. «Поедем со мною вместе, - говорил он Горбатому, - а здесь служить - ничего не выслужишь: князь великий еще молод, и слухи носятся о князе Юрии; если князь Юрий сядет на государстве, а мы к нему раньше других отъедем, то мы у него этим выслужимся». Горбатый не только сам не согласился отъехать, но и Шуйскому отсоветовал; тогда последний, видя неудачу и опасаясь последствий своей откровенности с Горбатым, решился предупредить его: явился к великой княгине и объявил, что князь Борис зовет его отъехать к князю Юрию, который также присылал и к нему с приглашением; но правда открылась, и князя Шуйского посадили опять под стражу. При этом бояре сказали правительнице, что надобно схватить и князя Юрия; Елена отвечала им: «Как будет лучше, так и делайте». Бояре сочли за лучшее отделаться заблаговременно от удельного князя, и Юрий вместе с своими боярами посажен был под стражу в той самой палате, где прежде сидел племянник его, несчастный Димитрий, внук Иоанна III.
По второму известию, князь Юрий прислал дьяка своего, Третьяка Тишкова, к князю Андрею Шуйскому звать его к себе на службу. Шуйский сказал дьяку:
«Князь ваш вчера крест целовал великому князю, клялся добра ему хотеть, а теперь от него людей зовет!»