Что Иоанн не был уверен в счастливом для своего семейства окончании борьбы, свидетельствуют следующие слова завещания: «Нас, родителей своих и прародителей, нетолько что в государствующем граде Москве или где будете в другом месте, но если даже в гонении и в изгнании будете, в божественных литургиях, панихидах и литиях, в милостынях к нищим и препитаниях, сколько возможно, не забывайте».
Иоанн благословляет старшего сына «царством Русским (достоинством), шапкою Мономаховою и всем чином царским, что прислал прародителю нашему царю и великому князю Владимиру Мономаху царь Константин Мономах из Царяграда; да сына же своего Ивана благословляю всеми шапками царскими и чином царским, что я примыслил, посохами и скатертью, а по-немецки центурь. Сына же своего Ивана благословляю своим царством Русским (областью), чем меня благословил отец мой, князь великий Василий, и что мне бог дал». Здесь встречаем важную отмену против распоряжения прежних государей: удельный Федор не получает никакой части в городе Москве. Ему в удел дано 14 городов, из которых главный - Суздаль; но показывается, что удельный князь не должен думать ни о какой самостоятельности: «Удел сына моего Федора ему же (царю Иоанну) к великому государству». Наконец, относительно опричнины Иоанн говорит так сыновьям в завещании: «Что я учредил опричнину, то на воле детей моих, Ивана и Федора; как им прибыльнее, так пусть и делают, а образец им готов».
Детям своим Иоанн давал на волю продолжать опричнину или уничтожить; но в его собственное царствование трудно было ожидать ее прекращения, ибо зло вызывало другое зло; в 1571 году князь Иван Мстиславский дал следующую запись: «Я, князь Иван Мстиславский, богу, святым божиим церквам и всему православному христианству веры своей не соблюл, государю своему, его детям и его землям, всему православному христианству и всей Русской земле изменил, навел с моими товарищами безбожного крымского Девлет-Гирея царя».