Башкин и единомышленники его были заточены по монастырям. Из последователей его-белозерский монах Федосий Косой и какой-то Игнатий были схвачены в 1555 году и заключены в монастырь в Москве, но бежали в Литву, женились там и продолжали проповедовать на свободе свое учение; это учение состояло в том, что божество не троично, что Христос простой человек, что все внешнее устройство церковное не нужно. Артемию, несмотря на строгий надзор, также удалось бежать из Соловок в Литву. Есть еще известие о соборе по поводу ереси Давыда, архиепископа ростовского в 1582 году; этот Давыд выставлен соумышленником Антония Поссевина, который сам приводится на собор, излагает странное учение, совершенно сходное с учением Давыда, и опровергается царем Иоанном. Но известие о Поссевине явно выдумано: царь не мог говорить с ним так, как представлен говорящим на соборе; притом, если б было что-нибудь подобное, то известие о нем сохранилось бы в статейном списке; это сочинение вроде переписки царя Иоанна с турецким султаном, попадающейся в некоторых сборниках.
С православным Востоком по-прежнему происходили постоянные сношения. В 1543 году дата была грамота старцам Афонского Пантелеймонова монастыря, по которой они везде в областях Московского государства пропускались свободно, не платя никаких пошлин, получая корм и подводы. В 1547 году митрополит Макарий писал окружное послание о вспомоществовании старцам Пантелеймонова монастыря, пришедшим в Москву за милостынею. Также бил челом царю Паисий, игумен Афонского болгарского монастыря Хиландаря, что им от даней султановых истомы великие и от греков обиды большие: государь бы их пожаловал, послал об них свою грамоту к султану, чтоб тот от даней их пооблегчил и от греков оборонил. Царь исполнил просьбу, послал грамоту к султану. В 1545 году александрийский патриарх Иоаким писал Иоанну, ходатайствуя об освобождении Максима Грека, не праведно заточенного: «Так православные христиане, пишет Иоаким, - не поступают с бедными людьми, особенно с иноками, и несправедливо держать человека силою и оскорблять; нехорошо верить всякому слову, всякому писанию без испытания.