Такая перемена происходила оттого, что Батория уже не было более, и хотя на престоле польским сидел сын шведского короля, однако отношения его к подданным нисколько не обещало тесного союза между ними и шведами. В Москву давали знать, что Сигизмунд непрочен в своих государствах, что Литва по крайней мере легко может поддаться царю. В грамоте своей к королю Иоанну Феодор грозил союзом с императором Рудольфом, с шахом персидским, прямо объявлял, что литовцы хотят ему поддаться. Иоанн отвечал: «Пришла к нам твоя грамота, писанная неподобно и гордо; мы на нее не хотим больше отвечать, а полагаемся на волю божию. Ты пишешь, что ждешь помощи от императора и других государей: и мы рады, что теперь стал ты бессилен и ждешь от других помощи. Увидим, какая помощь от них тебе будет! Пишешь, что Литва хочет под твою руку поддаться: все это ложь! Мы знаем подлинно, что Литва клятвы своей не нарушит. Знай, что мы оба, я и милый мой сын, можем наших подданных, которые нам не прямят, унять, и тебе за великую твою гордость отомстить. Отец твой в своей спесивости не хотел покориться, и земля его в чужие руки пошла. Хочешь у нас земель и городов - так попытайся отнять их воинскою силою, а гордостию и спесивыми грамотами не возьмешь».
В Москве решили не упускать благоприятного времени и попытаться возвратить государеву отчину воинскою силою. В январе 1590 года многочисленное русское войско выступило к шведским границам; сам царь находился при нем; воеводами были: в большом полку - князь Федор Мстиславский, занимавший после ссылки отца первое место между боярами, в передовом полку - князь Дмитрий Хворостинин, считавшийся лучшим полководцем; при царе, в звании дворовых, или ближних воевод, находились Борис Годунов и Федор Никитич Романов. Яма была взята; двадцатитысячный шведский отряд под начальством Густава Банера был разбит князем Хворостининым близ Нарвы; несмотря на неудачный приступ к Нарве, отбитый с большою для русских потерею, шведы видели невозможность продолжать с успехом войну и 25 февраля заключили перемирие на один год, уступив царю Яму, Иван-город и Копорье, обещая уступить и больше на будущем съезде посольском.