Мало того, нужно было решиться на дело страшно тяжелое: отвергнуть человека, которого уже привыкли видеть на таком высоком месте, каково было митрополичье; для вселенского патриарха Иеремии не могли придумать чести высшей, как та, которая воздавалась митрополиту Иову, и вот этого Иова надобно безвинно лишить этой чести, прогнать! Понятно, следовательно, что не по одним личным отношениям Годунова к Иову настаивали, чтоб Иеремия жил во Владимире.
Несмотря на то что царь прямо объявил о невозможности прогнать Иова от церкви Богородицы и от чудотворцев, исполнили обычай избрания: архиереи назначили трех кандидатов: митрополита Иова, новгородского архиепископа Александра, ростовского Варлаама, и предоставили царю выбор. Феодор избрал Иова, который и был посвящен 26 января 1589 года: следовательно, дело тянулось полгода! Патриарх должен был иметь в своем ведении митрополитов; это звание дали владыкам: новгородскому, казанскому, ростовскому и крутицкому (в Москве), шесть епископов получали звание архиепископов: вологодский, суздальский, нижегородский, смоленский, рязанский, тверской.
Богато одаренный отправился Иеремия в мае 1589 года в Константинополь с грамотою от царя к султану, в которой Феодор писал: «Ты б, брат наш Мурат салтан, патриарха Иеремию держал в своей области и беречь велел пашам своим так же, как ваши прародители патриархов держали в береженье, по старине во всем; ты б это сделал для нас». Приехавши в Смоленск, Иеремия получил грамоту от Годунова, в которой правитель просил его проведать в Литве о тамошних делах: «О Максимилиане, где он теперь и каким обычаем живет? В Польской ли земле, или отпущен? И как отпущен, по какому договору? Укрепился ли королевич шведский на польской короне и на какой мере утвердился, какое его вперед умышленье о нашем государе? Проведав об этом, отписал бы ты ко мне тайно, не объявляя своего святительского имени ни в чем; а когда будешь в Цареграде, то отпиши о всех тамошних делах».